自体骨移植种牙的风险包括供区风险和受区风险。供区指取骨部位，手术中从供区取肢体的骨块或者碎骨屑移植在种牙区域。术中需避开重要的神经和血管，避免因取骨损伤临近的重要血管、神经或者其它解剖结构，如牙齿根尖，以免造成不必要的伤害。
受区是植骨部位，植骨后由于骨组织量增加，切开的软组织较难复回原位，则需要附加额外的外科技术，将软组织完整关闭。如果关闭不全或关闭后裂开，会影响成骨质量。由于受区血供较差、创口裂开等因素，会导致移植骨组织出现感染、坏死等。
自体骨移植手术翻瓣较大、创伤较大，术后肿胀、疼痛反应多于常规种植。但只要在手术中控制严格适应症，正确诊断和手术设计，术中精细操作，术后进一步妥善处理，术后风险会大幅降低，甚至患者不会发生并发症。
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