甲减需要长期替代，通过长期替代治疗可以逐渐使代谢恢复正常，虽然不要求短期内纠正，但是一定不能停药。
左甲状腺激素的初始剂量取决于甲减的严重程度、年龄及身体状态，如果为年轻、无心血管及其它疾病的轻中度甲减患者，可以给予完全替代。如果伴有心脏病，尤其发生过心梗的患者，应从小剂量开始，隔2-3个月以后进行仔细的临床和实验室评估，再逐步加量，使T3、T4水平恢复正常。
继发性甲减患者主要是下丘脑和垂体性甲减为主，主要补充甲状腺激素和肾上腺激素。首先补充肾上腺皮质激素，下丘脑垂体和垂体甲减的患者，TSH不能作为监测替代治疗疗效的可靠指标。当FT4达正常范围的中点之上，甲状腺激素剂量及调整与原发性甲减相同。
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