高通量透析能有效清楚大分子及中分子毒性物质，但也存在一些缺点，具体如下：
1、反超滤现象，由于高通量透析器的滤过系数大，滤器膜孔大，水和溶质非常容易通过。当血液侧的压力低时由于透析液流量大，透析一侧压力大于血液侧，从而出现反超滤现象，使透析患者透析后的体重反而增加；
2、内毒素入血，高通量透析器的孔径大，内毒素相对容易通过透析器的膜进入血液而引起患者出现发热反应；
3、低血压的发生率明显增高，高通量透析容易使大量的水和溶质快速滤出，从而增加了发生低血压的风险。同时使营养物质，如蛋白质和氨基酸丢失，从而加重低血压的发生率。
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