新生儿甲减不会自己恢复，一旦诊断为甲减应立即服用药物，并补充甲状腺激素。新生儿甲减如果不进行及时治疗，很可能会因为身体内缺乏甲状腺激素，导致体内钙离子的分泌不足，影响到骨质生长。幼儿会出现佝偻病，严重者会影响到幼儿的精神状况，引发精神疾病，导致精神低落、食欲不振、记忆力减退，甚至会出现智力下降、呆小症。同时会导致胃肠道功能减退、食欲下降，严重者会导致幼儿出现营养不良。影响到心血管功能出现心率下降、黏液性水肿，甚至呼吸困难，威胁到生命安全。
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