甲状腺疾病的种类比较多，不同的种类，病因有比较大的差异，比较常见的病变是单纯性甲状腺肿，多和长期缺碘有关，甲状腺囊肿和部分甲状腺结节则多和先天发育异常有关，属于个体差异。甲状腺肿瘤和部分甲状腺结节则属于多因素综合结果，包括不良的有害因素、刺激、遗传等因素。
甲状腺功能亢进的病因主要有弥漫性毒性甲状腺肿、甲状腺感染、自身免疫性甲状腺炎早期、垂体瘤所致的促甲状腺素分泌增加等，甲状腺功能减退则可以见于甲状腺先天发育不良、垂体功能衰竭所致的促甲状腺素分泌不足、甲状腺切除术后、甲亢应用碘-131放疗后、自身免疫性甲状腺炎晚期等。
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