囊肿可能会产生癌变，产生囊肿的部位的较多，如宫颈囊肿、卵巢囊肿、子宫囊肿等。宫颈囊肿即宫颈纳氏囊肿，其产生癌变的几率较少，但宫颈其它部位上皮可能会产生癌变。另外，卵巢囊肿主要分为良性囊肿、恶性囊肿以及交界性囊肿，所以卵巢囊肿可能会产生癌变。若为良性囊肿，经过数年后可逐渐发展成交界性囊肿，再逐渐转化成癌，所以卵巢持续存在超过3cm的囊肿需引起重视。
若为恶性囊肿，如囊肿中存在实性成分，且存在血流信号，肿瘤标志物也存在高度异常，则怀疑属于恶性囊肿。但存在某些囊肿刚发现时存在某些良性表现，如没有明显血流信、肿瘤标志物较低，且没有实性成分，但随着持续时间延长，部分上皮逐渐转变成恶性肿瘤。所以囊肿可能产生癌变，但不是所有的囊肿均会产生癌变，仅存在部分囊肿会产生癌变。具体哪类囊肿会产生癌变，一般从术前或辅助检查中难以判断。
