糖化血红蛋白偏低通常见于任何可能缩短红细胞寿命的因素，导致红细胞生存周期的异常类疾病，均可以导致糖化血红蛋白测定偏低，比如溶血性贫血、大量失血、脾肿大、风湿性关节炎、慢性肝脏疾病，可以使糖化血红蛋白测定结果偏低。某些药物比如维生素C和维生素E，可以抑制血红蛋白的糖基化，长期大剂量服用可以使糖化血红蛋白测定结果出现偏低。
妇女在妊娠时由于血容量的增加，也可以使糖化血红蛋白测定结果出现偏低，高脂血症可以使糖化血红蛋白测定偏低。对于进展迅速的1型糖尿病，比如暴发性糖尿病，糖化血红蛋白不能真实反映急性血糖的变化，测定结果偏低。
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