治疗甲状腺疾病的药物包括治疗弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症的药物，主要是甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶。如果患者发生了甲状腺功能减退症，需要用左甲状腺激素进行治疗。
抗甲状腺激素合成的药物，一般起效时间在用药后的3周左右开始起效。这是因为这些药物对已经合成的甲状腺激素是没有效果的，只对新的甲状腺激素合成有一定抑制作用，而甲状腺激素的半衰期大约是2-3周左右，所以药物治疗甲亢大约是3周开始起效。发生甲状腺功能减退症时给予左甲状腺激素替代治疗，该药起效时间比较快，用药2-3天以后就可以见效。
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