反复呼吸道感染发病与IgG亚类缺陷有关，且以IgG2缺陷居多。IgG亚类缺陷易发生呼吸道感染与IgG亚类功能有关，此即为IgG亚类的抗原限制性。IgG1、IgG3为蛋白质抗原的主要抗体成分，二者缺陷易发生病毒感染或链球菌、金黄色葡萄球菌等感染;IgG2、IgG4为荚膜多糖抗原的主要抗体成分，一旦缺陷则易发生流感杆菌、肺炎球菌等感染。一些反复呼吸道感染的患儿血清总IgG水平正常甚至升高。现认为当某一IgG亚类缺陷或不足时其他亚类可有部分代偿性增高，如IgG缺陷时IgG1代偿性增高，也有时IgG4增高，可使总IgG水平保持正常或升高，而当IgG1缺陷时虽有其他亚类的代偿，但因所占比例少，故总IgG水平仍然明显下降，表现为低IgG血症。
现认为绝大多数IgG亚类缺陷不属基因缺失或突变所致而与T、B细胞之间调节紊乱或失常有关。多数反复呼吸道感染发病患儿T细胞数量及其亚群明显异常，尤以CD1+且T细胞增殖功能严重受损。支持T-B细胞调控失常的观点，推测各种因素可能主要损伤T细胞，尤其是T辅助细胞功能，使其产生白细胞介素的能力降低，对B细胞增殖、分化的调控作用削弱，使IgG及其类别转换过程障碍，导致IgG亚类缺陷，引起反复呼吸道感染。
T淋巴细胞是一个具有多功能的细胞群，辅助性T细胞(Th细胞)及抑制性T细胞(Ts细胞)为T细胞群体内主要的免疫调节细胞，在正常人体内两者有一定比例，各自独具功能。Th细胞辅助B淋巴细胞产生抗体和辅助细胞免疫功能，Ts细胞主要抑制B细胞产物抗体反应和抑制细胞免疫效应，二者既对立又统一，构成机体的主要免疫调节功能。在生理情况下维持机体的免疫平衡，在病理情况下这种平衡被打破，产生免疫功能紊乱。
反复呼吸道感染发病患儿的总T细胞(TLC)和Th(CD4)下降，Ts(CD8)升高，导致了Th/Ts比值降低。提示了反复呼吸道感染患儿的细胞免疫功能变化主要表现为T细胞数量减少和免疫调节功能异常。由于免疫调节异常，T淋巴细胞不能有效地辅助/抑制免疫效应细胞，可能导致了T杀伤细胞不能发挥其细胞介质的细胞酶作用，B淋巴细胞抗体产生不足和免疫球蛋白的转换不良，而使RRTI患儿出现获得性免疫缺陷。于是， RRTI患儿Th细胞明显减少，可能是反复呼吸道RRTI感染的主要原因。Th细胞减少的原因可能是某些病毒感染抑制T淋巴细胞亚群和T细胞功能所致。Th(CD4)/Ts(CD8)比值降低可能是反复呼吸道感染的又一重要原因，其比值降低使免疫内环境紊乱致反复呼吸道感染。
有实验表明反复呼吸道感染发病患儿T细胞亚群CD3+T淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞及CD4+T淋巴细胞/ CD8+T淋巴细胞比值(正常65％/35％)明显低于健康儿童，说明患儿存在着明显的细胞免疫功能异常导致反复呼吸道感染发病发作。
T细胞缺陷能使表面带有IgA的B淋巴细胞不能分化成分泌IgA的浆细胞，因此，T细胞及其亚群的缺陷能影响IgA的生成量，导致分泌型sIgA减少，黏膜局部抗感染功能下降，则患儿易发生反复呼吸道感染。
在致有丝分裂原刺激的淋巴细胞培养上清中存在一种因子IL2能维持刺激后T细胞在体外长期生存。此种活性是Th释放的一种因子介导的。由1979年第二次国际淋巴因子会议上命名为IL2，认为IL2是T细胞增殖的关键性因子，以后陆续有很多报道介绍了多种疾病与IL2生物活性有关。反复呼吸道感染患儿的IL2活性降低可能与Th下降有关。
反复呼吸道感染患儿红细胞C3b受体花环率明显下降，免疫复合物花环率基本正常或增多，表明反复呼吸道感染患儿存在红细胞免疫功能低下，红细胞C3b受体花环随病情加重呈明显下降趋势，提示红细胞免疫功能的低下与反复呼吸道感染有关，并在其中起着不可忽视的作用。由于红细胞C3b受体数目减少、活性下降，不能有效的从血循环中清除微生物、抗原及免疫复合物等，这在本病的发病机理上也起到一定的作用。反复呼吸道感染患儿C3b受体活性下降，可能与先天遗传因素影响及反复感染病原、微生物导致的继发性受体活性下降也有一定关系。
