输卵管不通的最主要原因是各种病原体感染导致盆腔炎的发生，以及输卵管堵塞和输卵管积水的发生。盆腔感染最常见的致病因素是沙眼衣原体导致的盆腔感染，导致输卵管内黏膜破坏、输卵管积水的发生。
其他细菌感染，也会导致输卵管阻塞、周围粘连的可能性，盆腔结核也会导致输卵管阻塞和不孕症发生。此外有些疾病，比如子宫内膜异位症，可能会导致输卵管周围扭曲粘连，像既往合并有阑尾炎、腹膜炎等腹腔感染，或者既往宫外孕的病史也会导致卵管阻塞和输卵管不通的发生。
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