艾滋病破坏了人体的免疫系统，HIV病毒侵入人体之后，以人体免疫系统当中最重要的CD4+T淋巴细胞为攻击目标，使人体免疫功能减退或丧失。目前没有有效的药物能够根治HIV病毒，治疗的最大目标就是最大可能、持续的抑制HIV病毒的复制，减少HIV病毒的载量，使免疫功能重建，或者维持免疫功能，减少HIV病毒感染，减少艾滋病的合并症。
由于艾滋病患者免疫功能丧失，会造成多种机会性感染，出现多种合并症，如神经系统、消化系统、呼吸系统等。由于病人免疫功能丧失后，对感染的防御能力下降，以及对肿瘤的防御能力下降，晚期可能患有恶性肿瘤。
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