骨髓增生异常综合征到了晚期主要可以采取异体造血干细胞移植以及自体干细胞移植，这两种方法能够使疾病得到根治。当出现晚期的并发症，比如贫血、出血，还有感染，主要采取补充替代的疗法，应用抗生素治疗各种感染，应用补充血小板或者输血的方式，纠正贫血以及出血性的疾病。
骨髓增生异常综合征到晚期的时候，会出现肝脾淋巴结的肿大，会以贫血为主发展为急性白血病，出血逐渐会加重，有可能会突发颅内的出血，造成昏迷，有可能会出现出血性休克，循环衰竭死亡。所以骨髓增生异常综合征到晚期都是跟严重的感染和出血有关，可能会有生命危险，所以一般预后比较差。
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