乙型肝炎病毒进入细胞后，通过脱衣壳而释放出松弛型DNA（rcDNA）,进入细胞核内，在DNA多聚酶的作用下，正链进一步延长，形成共价闭合环状DNA（cccDNA）.以cccDNA为模板，在细胞核内转录前基因组RNA和翻译各种病毒蛋白的mRNA，转录后的模板仍然完整，一直存在于细胞核中，感染肝细胞不清除，cccDNA则一直存在，因此HBV cccDNA的存在是慢性乙型肝炎病毒持续存在并难以清除的最根本原因。
慢性乙型肝炎病毒感染后，我们能从血液中检测出的病毒成分有HBV DNA、HBeAg和HBsAg。在这些成分中，血液中的HBV DNA含量水平取决于细胞内病毒的复制和外周血液中病毒的清除速度，在抗病毒治疗过程中不与细胞内cccDNA的清除程度和病毒感染细胞的清除程度相平行。虽然病毒感染细胞的清除程度可以反应在血液中HBeAg含量的下降上，但由于HBV前C区的变异可以导致产HbeAg阴性病毒株，从而血液中HBeAg的含量也不一定与肝脏或肝细胞内cccDNA水平相平行。HbsAg作为病毒外膜蛋白的主要成分，在病毒的复制过程中，表达的外膜蛋白有90％过剩，并不组装为病毒颗粒，为以管状颗粒和小球形颗粒存在，这些外膜蛋白颗粒的数量是病毒颗粒数量的1000倍以上，使其成为HBV感染后血清学检测最重要的成分，血液中HBsAg的含量与肝脏内HBV含量(r=0.43, P=0.028)和cccDNA含量(r=0.54, P=0.004)相平行。
