肛裂的典型的症状有疼痛、便血和便秘。疼痛是肛裂的主要症状，疼痛的程度和持续的时间预示着肛裂的轻重。一次典型的肛裂疼痛的周期是疼痛缓解、高峰、缓解、再疼痛。排便时粪便刺激溃疡面的神经末梢，造成便后严重的烧灼样或刀割样疼痛，可放射到臀部，会阴部及骶尾部或大腿内侧，称为排便时疼痛。便后疼痛可缓解，此为疼痛缓解期。之后因为内括约肌痉挛产生剧痛，持续数分钟至数小时，此时患者会坐立不安，难以承受，直至括约肌疲劳后肌肉放松，疼痛可逐渐缓解。再次排便时疼痛再次发生便血，排便时滴血或便后纸上擦血为主，血色鲜红。出血多少，与裂口的深浅大小有关，但一般不会像痔疮一样出现喷血。很多肛裂患者本身就有便秘，一些患者在患肛裂后因肛门疼痛恐惧排便，久而久之引起粪便干硬、便秘，又可使肛裂加重，如此反复形成恶性循环。
