四价和九价宫颈癌疫苗的主要区别在于接种的年龄不同和预防HPV感染的范围不同。九价疫苗接种的年龄为16-26岁的女性，而四价疫苗接种的年龄范围是20-45岁的女性。
四价疫苗预防的HPV病毒类型是6型、11型、16型、18型，而九价疫苗预防的病毒类型比四价疫苗多，包括6型、11型、16型、18型、31型、33型、45型、52型、58型。有性生活的女性即使注射了四价疫苗或者九价疫苗，也需要定期进行宫颈癌的筛查。
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