小便时出现疼痛的原因有可能是两个原因所引起，如下：
第一类，有泌尿系的症状，比如尿道炎、膀胱炎或前列腺炎。当出现小便疼痛时需要进行尿常规、前列腺液常规检测，根据检测结果往往能够确诊。
第二类，由于泌尿系统的结石所引起，根据超声表现，如果小便疼痛，甚至出现血尿，通过进行泌尿系B超或腹部CT检测往往能够确诊。
如果是由于炎症引起的小便疼痛，以口服中药或西药为主。如果是由于结石所引起的，需要进行根据结石的位置、大小、形态选择合适的治疗方案，包括口服药物治疗、手术治疗以及体外碎石。
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