生长激素总体的不良反应比较低，目前关于生长激素导致的不良反应主要包括良性的颅内高压，对糖代谢可能会产生一定的影响，或甲状腺功能低下、股骨头滑脱、脊柱侧弯、诱发肿瘤的可能性、色素痣以及手脚变大，注射局部红肿以及皮疹并不常见，中耳炎、胰腺炎以及男性乳腺发育也很少有报道。
有些症状在治疗初期可能会出现有些不良反应，比如甲状腺功能低下，则在治疗数月内甚至治疗一年后才能出现，因此在进行生长激素替代治疗之前需要进行甲状腺功能的检查。如果有甲减，需要将甲状腺功能调整到正常水平再开始治疗，在治疗中，每三个月复查一次甲功。
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