甲状腺功能低下的治疗方法是甲状腺激素的替代治疗，但在开始治疗前，要判断一下这种甲状腺功能减退是否是一种永久性疾病。
对于亚急性甲状腺炎之后引起的甲状腺功能减退，一般是暂时性减退，不需要马上开始治疗。
另外，对于药物性甲状腺功能减退，停药后甲状腺功能也可以逆转，也不需要马上进行药物的替代治疗。
对于永久性甲状腺功能减退患者，治疗目标是将血清的促甲状腺激素水平维持在正常的参考值范围以内。
治疗药物是选择左旋甲状腺素钠片，治疗的起始剂量因人而异。
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