如果长期大量用糖皮质激素，其副作用不容忽视，长期大剂量使用可以导致库欣综合征，也就是肾上腺皮质功能亢进的综合征，包括水、盐、糖、蛋白质以及脂肪的代谢紊乱。另外还有向心性肥胖、满月脸、水牛背、皮肤痤疮、多毛以及高血钠、低血钾、高血压、水肿、高血脂、高血糖或使糖尿病的症状加重，以及肾上腺皮质功能减退甚至萎缩。女性可以出现闭经等副作用，还可伴有肌肉消瘦、无力，以及骨质疏松、股骨头坏死等一系列副作用。
此外糖皮质激素的副作用还包括可以减弱机体的抵抗力，诱发或加重感染，阻碍组织的修复，延缓组织的愈合，抑制儿童的生长发育。所以儿童在生长期如果应用糖皮质激素，需要注意要密切关注不良反应，尽量避免或降低糖皮质激素对儿童生长和发育的影响。此外大剂量使用糖皮质激素的女性建议不要怀孕，因为可能会引起胎儿畸形等。
