肺炎衣原体阴性，第一种可能是患者没有患有肺炎衣原体感染。第二是患者感染有肺炎衣原体，但是结果是假阴性，患者检测的时候可能是刚起病过程中。因为肺炎衣原体感染，一般是在发病后1周结果是阳性，所以过早的检查可能结果会是假阴性。在治疗上，如果患者高度怀疑肺炎衣原体感染，但是结果是阴性，建议多次复查，尤其是在发病后1周。复查肺炎衣原体感染，如果结果提示阳性，患者可以肯定患有肺炎衣原体感染，治疗上选用大环内酯类抗生素。
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