脑垂体核磁共振检查可了解脑垂体区组织结构是否有异常，一般临床上遇到矮小症的患者，以及性早熟的患者，都会要求做脑垂体的核磁共振检查，通过该项检查可以了解脑垂体的生长发育情况。
如果发现了先天发育不良或异常，又或者看到垂体区有实质性占位病变，要及时诊断，告知临床，因为往往出现此种情况时，可导致矮小症或者性早熟。同时如果看东西不清楚，也会涉及到脑垂体核磁共振检查，因为脑垂体区的占位会压迫视交叉，从而导致看东西模糊。
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