做乳腺钼靶的副作用有以下几个：第一、对正常的乳腺细胞产生破坏，在做治疗的同时可能导致有功能的乳腺细胞坏死，是做乳腺钼靶的最常见的副作用，副作用的大小要看做乳腺钼靶的时间以及部位而定，不同人做乳腺钼靶的副作用大小也是不一样的，应该具体情况具体分析。第二、对机体的免疫系统造成不良影响，做乳腺钼靶时会有一定的辐射，可能会破坏人体的正常的淋巴组织、淋巴细胞以及胸腺和骨髓，对正常的免疫功能产生抑制作用。第三、如果做乳腺钼靶的时间太长或者频率太多，可能会导致癌变，这是一个小概率事件，这也是副作用之一。
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