子宫纵隔的治疗为将子宫纵隔切开进行手术，但是应判断患者是否必须做手术。如果患者是不全子宫纵隔，宫腔面积不变小，不影响怀孕，并且没有发生不良的孕产史，则可不做手术，可以先进行怀孕。子宫纵隔切开手术目的是解决患者怀孕的问题，如果患者发生不良的孕产史或者不容易怀孕，则建议进行此类手术。
此类手术一般在宫腔镜下进行，医生用剪刀剪开子宫纵隔，或者用针状电极切开子宫纵隔，使两个子宫腔变成一个子宫腔。在子宫纵隔切开以后，还会放置宫内节育器，目的是使子宫腔不粘连。在手术以后，患者应服用激素类药物，帮助子宫内膜的恢复。一般术后3个月可取出宫内节育器，并且应观察宫腔的情况。
