肛瘘手术后手术的刀口部位会有分泌物流出不是呈脓性的，脓性的分泌物大部分是细菌感染引起。肛瘘的刀口部位如果引流比较通畅不会造成感染。分泌物的持续时间比较长，可能会持续到术口完全长好可能需要30天左右，根据刀口的范围大小以及个体的差异情况决定。如果刀口范围比较小愈合的时间会更短，如果肛瘘比较复杂，刀口范围比较大愈合的时间会延长，刀口有分泌物的时间也会比较长。肛瘘术后都要进行正规的换药，会在术口部位填塞纱布进行引流，将分泌物引流出后有利于刀口的恢复。
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