孩子个子矮的原因常按病因分类，如下：
一、慢性系统疾病，常见于消化吸收不良、尿毒症、肝功能不全、肺功能不全、先天性心脏病、慢性感染；
二、内分泌疾病，糖尿病、阿狄森病、甲状腺功能减低、皮质醇增多症、性早熟、假性甲状旁腺功能减低、垂体功能低下；
三、体质矮小、青春延迟；
四、遗传性矮小；
五、中枢神经系统疾病，颅面中线发育缺陷、脑积水、下丘脑-垂体肿瘤、精神心理障碍、染色体异常，常见于性发育不良、21三体综合征、其它染色体异常和畸形综合征。
六、先天性疾病，如生长障碍、甲状腺发育不良、骨病、软骨发育不良、成骨不全、脊柱畸形、代谢性疾病、肾小管酸中毒、粘多糖沉积症、糖原累积病、抗维生素D性佝偻病等等。
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