由于甲状腺功能减退起病隐匿，很多患者缺乏特异性的症状和体征，主要根据实验室检查帮助明确诊断。如果原发性甲状腺功能减退，总T3、总T4降低，促甲状腺激素水平升高。亚临床甲状腺功能减退仅有促甲状腺激素TSH增高，总T4和游离T4是正常。
中枢性包括垂体性和下丘脑性甲状腺功能减退的患者，游离甲状腺激素降低，促甲状腺激素TSH水平低下或在正常范围。也通过鉴别原发性和继发性甲状腺功能减退，使用TRH兴奋试验。原发性甲状腺功能减退的患者使用TRH兴奋以后，TSH进一步升高，而垂体性甲状腺功能减退，TSH反映下降。诊断甲状腺功能减退要结合临床症状，也需要结合甲状腺激素以及动态的功能学评估，还需要了解血常规以及实验室检查包括血脂的情况。
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