慢性淋巴细胞性甲状腺炎起病隐匿，发展缓慢、病程较长，病程早期一般没有临床症状，仅会出现甲状腺抗体的升高，多是体检时发现，可出现甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体的升高。随着病情的进展，逐渐出现甲状腺功能减退症的症状，这时患者可以出现记忆力减退、嗜睡、关节疼痛、体重增加、黏液性水肿，手掌、脚掌发黄，怕冷、少汗。
累及到心脏时可出现心率变慢、心包积液症状，可出现甲减性肝损害、甲减性贫血。从抗体升高到发生甲减因人而已，时间长短不一，有些患者3-5年就出现甲减，有些患者8年、10年，乃至终生都没有出现甲减的症状。在没有出现甲减症状时，只需要跟踪甲状腺抗体以及甲状腺功能的水平。发生甲减时，给予左甲状腺激素替代治疗上述症状即可消失。
