临床上肛瘘药物治疗的效果相对不太好，因为肛瘘存在内口以及瘘管，单纯的药物治疗很难完全的清除内口，尤其是瘘管。因为瘘管可能比较多，这个时候治疗起来很难清除干净，后期容易存在复发的现象。所以对于肛瘘，在临床上主要选择肛瘘切除手术治疗。但对于单纯性的低位肛瘘适当的可以选择药物治疗，因为比较简单，瘘管比较单一，这个时候药物治疗的效果相对好。而对于高位复杂性肛瘘或者多条瘘管的肛瘘，只能采取手术治疗，而且手术的过程中要避免损伤肛门直肠环，以免导致后期出现肛门失禁的现象。所以在肛瘘的治疗过程中应该先做盆底磁共振检查，确诊确定瘘管的走向以及内口的位置才能清除干净。术后坚持换药处理，避免术后出现感染或者假性愈合。
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