治疗滴虫的药物主要为甲硝唑以及替硝唑，因滴虫性阴道炎可以同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴虫感染。治疗此疾病需要全身用药，全身用药甲硝唑用量较大，而且容易出现胃肠道反应，所以用药前一定要与患者进行充分沟通。
性伴侣也需要给予治疗，滴虫性阴道炎主要是通过性行为传播，所以性伴侣应该同时进行治疗，治疗期间禁止性生活，治疗以后症状多数可以得到缓解。如果治疗失败以后，甲硝唑可以继续进行应用。治疗的过程中如果有复发病例的情况，多数需要将使用过的内裤或者洗涤用的毛巾，在沸水中煮沸5-10分钟，从而杀灭病原体，避免重复性感染。
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