苯丙酮尿症典型症状是智力发育落后、皮肤改变，包括头发偏黄、皮肤偏白，并携带鼠尿臭味，但上述症状在患儿3-4个月才会缓慢出现。胎儿在妈妈肚子里时，妈妈会帮助代谢部分过多产物，所以在出生时多数表现正常。部分也可能有一些非特异性症状，如喂养困难、性格易激惹或者反应较差。
由于上述症状不具特异性，仅通过此类症状无法诊断、怀疑儿童患苯丙酮尿症比较困难。3-4个月后，孩子已经开始出现智力发育落后，干预就相对较晚。因此，新生儿筛查就尤为重要，是指在28天之内，患儿未出现症状时采足底血，诊断是否患苯丙酮尿症，必要时积极治疗，以防后续出现智力受损等一系列症状。
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