肾盂肾炎最主要的感染途径是逆行感染，又称为上行性感染，其主要的传播途径是各种病原微生物经尿道外口逆行进入膀胱，病原菌会沿着输尿管继续上行到达肾盂，而出现肾盂肾炎的临床表现。
肾盂肾炎于女性常见，当机体存在有易患因素时，如糖尿病、结核、长期使用免疫抑制剂等，合并下尿道感染不能彻底控制而导致上行，这个可以见于50%的患者，尤其是有膀胱、输尿管反流发生后，尿液容易逆流进入输尿管而出现肾盂肾炎。
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