甲基丙二酸血症患者能活多久，取决于疾病发生的时间以及临床症状的轻重，一般如果是轻症和早期发现的儿童预后相对比较好。由于甲基丙二酸血症是一种遗传代谢性疾病，大部分没有根治的办法，只能是通过早期对症治疗。如果轻症的孩子没有严重的并发症，大多可以活至30多岁。
如果孩子发病较早，早期的时候就出现严重的发育不良，反复的呕吐、脱水、肌张力减低、智力发育迟缓、低血糖，甚至糖尿病酮症酸中毒等症状，孩子可能很早的就已经出现严重的并发症，导致孩子出现死亡的可能。所以这种疾病治疗只能是通过饮食疗法，尽早开始限制蛋白质的摄入，同时给予口服对症的药物进行治疗。
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