治疗甲亢常用的药物是硫脲类药物，主要包括咪唑类药物和硫氧嘧啶类药物，均不是激素。咪唑类药物的代表药物是甲巯咪唑，硫氧嘧啶类的药物代表药是丙硫氧嘧啶。丙硫氧嘧啶主要通过抑制脱碘酶的活性，而减少外周组织T4转化为T3，但是肝毒性大于甲巯咪唑。
因此，除了严重的病例，甲亢危象、妊娠早期或者对甲巯咪唑过敏者，首选丙硫氧嘧啶治疗以外，其他情况应将甲巯咪唑列为首选药物。在甲亢危象的治疗中，有时可以用到糖皮质激素，主要适用于甲亢危象伴有高热或者休克的患者，可以使用氢化可的松或者地塞米松。
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