尿路感染会引起腰痛，特别上尿路感染，如急性肾盂肾炎是一种发生在肾盂的急性感染性炎症，常由膀胱、尿道的细菌病原体上行感染所致。病原体通常为大肠杆菌、变形杆菌、粪链球菌等，感染可以刺激肾盂黏膜引起血管充血、体内炎症介质的生成增加，其中包括致痛性物质，比如前列腺素和白三烯，此时患者会出现剧烈的腰部胀痛，疼痛可以为双侧也可为单侧，并伴有肾区扣痛、压痛、全身发热。某些尿路感染的病原体为不典型病原体，比如结核杆菌引起的泌尿系结核如肾结核，此时患者的腰痛症状不明显，可能为腰部的隐痛、酸胀不适。
