藿香正气水有解表化湿、理气和中的功效，可以治疗外感风寒、内伤湿滞引起的发热、恶寒、头痛、呕吐、腹泻、腹痛。本方所致的呕吐、腹泻，是由夏季冒雨涉水和饮食不规律引起的，冒雨受凉则恶寒头痛，饮食不规律损伤脾胃，则呕吐、腹泻、腹胀、腹痛。方中紫苏、白芷善解外感风寒而止头痛，藿香、陈皮、厚朴去湿行气而止腹胀、腹痛、腹泻，也是用本方除湿行气之功达到的。藿香正气水虽然治疗外感风寒、内伤寒湿，但凡是舌苔黄、厚腻等脾胃湿热证，和舌红、少苔的阴虚火旺证都禁止使用。
