导致肥胖的根源在于能量代谢的平衡失调，摄入的热量多于消耗的热量。肥胖也是由于遗传和环境等多种因素相互作用的结果，肥胖具有明显的家族聚集性，也就是家里的父母肥胖，子女肥胖的几率就比较大。
极少数的肥胖属于单基因突变所导致，大多数的肥胖是由于多基因以及环境因素共同导致。环境因素主要指的是饮食和体力活动，当进食能量超过消耗所需的能量时，除了以肝糖原、肌糖原的形式进行储存以外，其余全部转化为脂肪，储存于全身的脂库中。如果经常摄入高热量的脂肪，并且活动减少的情况下，就容易导致肥胖。
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