百日咳为一种传染病，发现百日咳患者应及早对患者进行隔离，并在早期应用抗生素治疗，然后根据患者的症状和体征进行对症处理。在临床上主要包括止咳、去痰、消炎等治疗方式，必要时可以吸氧。在药物治疗方面，百日咳首选的治疗药物是红霉素或罗红霉素，疗程不少于10天，早期治疗可以缩短疗程。百日咳患者容易并发肺炎，并发肺炎的患者可选用敏感的抗生素进行治疗。如果并发得病时，可给予脱水直接对症处理，并发得病的患者，愈后的情况是比较差的。
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