血栓根据其部位的不同，所就诊的科室也不同，常见血栓一般分为肢体血管血栓，以及脏器血管血栓，还有常见的脑部血管血栓或者心脏血管血栓。而对于肢体血管血栓以及脏器血管血栓时，建议到血管外科门诊就诊，在专科医生的指导下通过超声检查，或者CT检查明确诊断，并给予相应的治疗。但是由于一些医院没有专门的血管外科，也可以到普通外科就诊，近年来随着腔内技术的发展，一些医院的介入科也开展了肢体血管疾病的对症治疗，所以也可以到介入科就诊。而一些其他的部位如颅内血管血栓，可以到神经内科或者是神经外科就诊，心脏血管血栓一般要到心内科或者心外科就诊。所以当出现血栓时，一般要明确血栓的部位，再根据相应的部位及疾病，到相应的科室就诊。
