卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿两大类，生理性囊肿是指女性在正常的生理过程中，卵巢发生小的囊肿，如黄体囊肿、黄素囊肿、滤泡囊肿等等，分别可以发生在黄体期、滤泡期、黄体过多刺激导致的囊肿。生理性囊肿体积不会过大，直径在3-4cm以内，是由于特定的时期激素水平形成的生理性的囊肿。
病理性囊肿，包括良性、交界性和恶性三种，病理性囊肿的发病原因是不清楚的，比如卵巢畸胎瘤或者卵巢癌、卵巢恶性肿瘤等等，发病原因目前都不是很清楚。但是，卵巢巧克力囊肿可以理解为子宫内膜异位症，也就是子宫内膜异位到卵巢，而形成巧克力囊肿。
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