由于婴幼儿时期人体免疫功能没有完全发育，感染乙型肝炎病毒后，人体与乙型肝炎病毒处于“和平共处”阶段。此时期婴幼儿血液中虽然含有乙型肝炎病毒表面抗原和e抗原，乙型肝炎病毒水平较高，但血清丙氨酸氨基转移酶水平正常，肝脏组织学没有明显的病变，被感染者也没有任何不适。此时期不需要进行抗病毒治疗，现有的药物也不起作用。该状态可维持数年甚至数十年，临床上称之为乙型肝炎病毒携带状态。
但是对于进展期肝病或肝硬化的患儿，他们存在肝损伤，应及时进行抗病毒治疗，同时也需考虑长期治疗安全性及耐药性问题。目前美国食品药品监督管理局（FDA）批准用于儿童患者治疗的药物包括普通IFN-α（2~17岁）、拉米夫定（2~17岁）、阿德福韦酯（12~17岁）、恩替卡韦（2~17岁）和替诺福韦酯（2~17岁）。临床试验表明普通IFN-α治疗儿童患者的疗效与成年患者相当。IFN-α用于儿童患者的推荐剂量为每周3次，每次3~6MU/m2体表面积，最大剂量不超过10MU/m2。但IFN-α不能用于1岁以下儿童治疗。在充分知情同意的基础上，2~11岁也可选择恩替卡韦治疗，12~17岁可选用恩替卡韦或替诺福韦酯治疗。
少数病孩可发生乙型肝炎伴同的肾炎。核苷（酸）类抗病毒治疗是乙型肝炎相关肾小球肾炎治疗的关键，推荐使用强效、低耐药的药物。核苷（酸）类多数以药物原型通过肾脏清除，因此，用药时需根据患者的肾功能受损程度进行给药间隔和/或剂量调整，具体请遵医嘱。对于已经存在肾脏疾病及其高危风险的慢性乙型肝炎病孩，应尽可能避免使用可能导致肾损伤的阿德福韦酯或替诺福韦酯。有研究提示替比夫定可能具有改善肾小球滤过率的作用，但其机制不明。对于存在肾损害风险的慢性乙型肝炎儿童，推荐使用替比夫定或恩替卡韦治疗。
