除非是在医生的全程指导、监测下，患者定期复诊并评估治疗结果，再由医生权衡利弊，审慎考虑是否需要继续服用下去，否则百令胶囊不可以长期服用。任何药物长期服用，都可能会增加不良反应发生的频率和程度，给身体带来伤害，须知是药三分毒。
百令胶囊属于中成药，它的有效成分是发酵的虫草菌粉。上市后的不良反应报告显示，在医生的指导下合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。个别患者会出现咽部不适、恶心、呕吐等症状，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。但长期服用还是会给肝肾造成负担，因此不可擅自长期用药。
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