小肠镜和肠镜的区别主要有以下几点：第一是操作的时长不一样，因为大肠的长度约为1.2-1.5米，而小肠的长度约为5-6米，所以小肠镜检查时所用的时间长、操作难度较高，需要两只镜子来上下插入对接，才能全方位的观察小肠。第二是观察的部位不一样，肠镜可以观察直肠、降结肠、乙状结肠、升结肠、横结肠等部位，镜头可以插入到回肠末端20-30厘米，而小肠镜主要就是用来观察小肠部位。第三是进入的位置不同，小肠镜是从口腔、喉咙、食道、胃、十二指肠进入到小肠，而肠镜则是从肛门进入往上到达肠道。
