无论是男性还是女性，急性肾盂肾炎的治疗原则和治疗用药是相同的。由于肾盂肾炎多是由尿路上行感染所致，常见的致病菌为大肠埃希菌，所以在抗生素选择上主要是针对革兰氏阴性杆菌来选择用药。通常会选用青霉素类、第一代头孢菌素、第二代头孢菌素或喹诺酮类抗生素，如阿莫西林、头孢拉定、左氧氟沙星等药物。治疗疗程可分为7日疗程和14日疗程，14日疗程的效果可能会更佳。在治疗结束后的2周、4周和6周需要分别复查尿常规来评估治疗的疗效。若在治疗6周内尿常规转阴，未再出现相同症状则认为急性肾盂肾炎治愈。
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