乙肝肝炎发作的患者通过抗病毒治疗后，肝功能可以恢复正常，乙肝病毒DNA也可以转阴，但并不能够停用抗病毒药物。因为抗病毒药物主要的作用就是抑制乙肝病毒的复制，但并不能够清除血液当中的乙肝病毒，一旦停药乙肝病毒DNA就会再次升高，可能会导致肝炎的发作。
因此乙肝肝炎的治疗是长期的过程，通常只有在乙肝表面抗原转阴的情况下才能够停药，大部分患者并不能够达到乙肝病毒DNA转阴，因此需要长期的治疗。而对于乙肝合并肝硬化甚至肝癌的患者，需要终身口服抗病毒药物进行治疗，即使肝功能和乙肝病毒DNA正常也不能够停药。
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