消化道出血包括上消化道出血和下消化道出血，上消化道出血的原因最常见的是消化性溃疡，包括胃溃疡以及十二指肠球溃疡，以及肝硬化、门脉高压引起的食管胃底静脉曲张破裂出血，以及剧烈呕吐引起的食道贲门黏膜撕裂症，以及服用了特殊的药物，比如非甾体消炎药所引起的急性的胃黏膜病变，以及肺癌，这些都是上消化道出血最常见的原因。
除此以外，上消化道出血还包括胆道出血、胰腺病变引起的出血，以及主动脉瘤破入食管、胃或十二指肠引起的出血。全身性的疾病，比如血液病、尿毒症、结缔组织病等，也可以引起上消化道出血。
下消化道出血的原因也是非常繁多的，下消化道出血多来自于结肠，小肠出血相对比较少见，下消化道出血的原因包括肿瘤，比如结肠癌、淋巴瘤，或者是巨大的结肠息肉引起的出血。炎症性病变，比如感染性肠炎如肠结核、菌痢，以及寄生虫感染，如阿米巴肠炎也可以引起消化道出血。除此以外，非特异性肠炎，如溃疡性结肠炎、克罗恩病也可以引起消化道出血。
对于40岁以上的人来说，小肠出血的一个重要的原因就是血管病变，它包括毛细血管扩张、血管畸形等。肠壁的结构的异常，比如说憩室，如小肠的迈克尔憩室，在年轻人消化道出血中也是可以看见的，全身性的一些疾病，如血液病或者出血性疾病，或者是一些风湿免疫性疾病，如白塞氏病或者是尿毒性肠炎也是导致下消化道出血的一些原因。
