女性感染HPV16可以自行清除的时间因人而异，需根据HPV16的来源、病毒的浓度、宫颈细胞对其敏感性以及机体的抵抗力而定。
当机体抵抗力较强时，感染可以自动消退，当机体抵抗力较弱或反复经过HPV感染，病毒常不易被消灭。特别是性伴侣携带HPV16时，女性患者可以通过性生活反复感染造成宫颈长期在HPV16的作用下，此类患者易导致宫颈病变，需定期复查，同时进行隔离治疗，避免长期的HPV刺激。
具有HPV感染的女性应多锻炼身体，提高机体的免疫力，注意性生活的卫生则HPV16的消除可较快。
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