儿童打干扰素的副作用最常见的是发热、疲乏、头痛和肌痛，一般发热和疲乏在终止用药72小时之内可以恢复正常，这两个反应与药物的剂量有关系。发热可能由于使用本品治疗常规的流感样症状有关系，但是不包括其它原因所致的持续性发热。
此外，还有极少的患者可能会出现有咽炎病毒感染，或者是其它非常罕见的血液系统不良感染，比如可以出现白细胞、中性粒细胞减少，以及贫血、血小板减少、再生障碍性贫血，或者是血小板减少性紫癜等不良反应。
