急性化脓性甲状腺炎好发于2-12岁儿童，大约70%的患者发生于此年龄段。感染途径多为起源于第四鳃囊的左侧梨状隐窝瘘，细菌通过瘘管到达甲状腺周围间隙感染甲状腺。致病菌多为多种细菌混合感染，例如链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌，以及厌氧菌等。
免疫功能低下患者的病原体以真菌居多，例如孢子菌、曲霉菌、白色念珠菌，以及肺囊虫等，这些是在临床上最多见感染的细菌。
