青蒿素对红斑狼疮有治疗作用，目前红斑狼疮还是不能治愈的疾病。红斑狼疮是由大量致病性的自身抗体以及免疫复合物形成所导致的全身性的自身免疫性疾病，且需要终生进行治疗。虽然近年来对青蒿素的基础研究发现，对红斑狼疮的致病原因有一定的抑制作用，但并不能从根本上纠正患者的免疫异常，从而达到治愈的目的。
青蒿素以及其衍生物，包括双氢青蒿素，对体液免疫中的B淋巴细胞的增殖有一定的抑制作用，可以起到直接的抑制作用，从而减少体内的B淋巴细胞对自身抗体的分泌。这时减少B淋巴细胞，可以减少自身抗体的分泌，减轻体内异常的体液免疫反应，对体液免疫反应有一定的抑制作用。同时也发现青蒿素和其衍生物，对免疫复合物的形成也有一定的抑制作用，所以从基础理论方面发现青蒿素对红斑狼疮的发病机制有一定的抑制作用，但是目前临床研究也发现青蒿素并不能从根本上治疗红斑狼疮所引起的免疫学异常，但可以在一定程度上纠正。
