别嘌醇的不良反应最常见的就是皮疹，比如瘙痒性的皮疹或者荨麻疹，一般经过对症处理可以控制，如果有加重趋势必须停药。还有一个副作用是胃肠道反应，包括腹泻、恶心、呕吐、腹痛等。少数人还会出现白细胞减少、血小板减少，也就是出现骨髓抑制的问题，一定要停药。其他的像脱发、发热、淋巴结肿大，或者肝毒性等，一旦出现也要停药。
别嘌醇的不良反应中有一个最害怕的就是会出现剥脱性皮炎，或者中毒性表皮坏死松解综合征，这个是可以预测的，通过测定患者的基因型，来大致判断服用别嘌醇以后会不会出现严重的皮肤毒性，如果有这种风险，就尽量不要使用。如果出现别嘌醇不可耐受的副作用，建议尝试换成其他的药物，比如非布司他这个抑制尿酸形成的药物，或者换成其他的降尿酸药物。
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